منهج التحقيق اعتمد في تحقيق كتاب " المقنعة " على ست نسخ مخطوطة ، والنسخة المطبوعة طبعة حجرية : 1 - النسخة الأولى : وهي النسخة المحفوظة في مكتبة " آستان قدس رضوي " برقم ( 2618 ) ، وهي بخط يوسف بن داود بن مغمس بن داود بن الحسن الفقيه البحراني ، وهي نسخة مصححة ، وأنهيت مقابلتها في اليوم الثاني من شهر صفر سنة ( 992 ه‍ ق ) والنصف الأخير منها غير منقوطة ، ومع ذلك نسخة عالية جيدة ، ورمز لها ب‍ " ألف " . 2 - النسخة الثانية : وهي النسخة المحفوظة في مكتبة " آستان قدس رضوي " أيضا برقم ( 2619 ) ، كتبت سنة ( 955 ه‍ ق ) بخطوط مختلفة ، ولم يعلم كتابها ، ورمز لها ب‍ " ب " . 3 - النسخة الثالثة : وهي أيضا محفوظة في مكتبة " آستان قدس رضوي " برقم ( 5883 ) ، وهي في الأصل من المكتبة الوطنية " كتابخانه ملي ملك " ، وهي نسخة ناقصة ، كثيرة الأغلاط ، ودس فيها في باب الوضوء ليطابق مذهب العامة ، ورمز لها ب‍ " ج " . 4 - النسخة الرابعة : وهي النسخة المحفوظة في مكتبة آية الله المرعشي النجفي بقم ، وهي بخط " شريف محمد قلي تركمان ، وفيها سقط يسير ، وخطها جيد ، ولكن تاريخ كتابتها غير معلوم ، ورمز لها ب‍ " د " . 5 - النسخة الخامسة : وهي النسخة المحفوظة في مكتبة المدرسة الرضوية بقم المقدسة ،